В разделе «Сведения по полным затратам» зарплату внутреннего совместителя показывать в основном подразделении, где он работает или в том подразделении где он как внутренний совместитель?

Значения как количества единиц персонала (только единиц по совместительству), так и объема ФОТ (по совместительству) указываются по подразделению внутреннего совместительства.