В разделе 1.1. по графе 8 строке Расходы, всего (строка 20000): в итоговую сумму попадает сумма возврата в бюджет средств субсидий (51 107,40), т.е. строка 40000. Правильно ли это?

Строка 20000=21000+21200+22000+23000+24000+25000+26000+40000

Да, строка 40000 попадает в строку 20000 это правильно, Вы же указали Прочие выплаты, из них возврат в бюджет средств субсидии.