В Парус 8 подтянули публикации к отчету, но сделали ряд ошибок. Можно ли удалить все публикации из отчета и проделать это снова?

Посмотрите в контекстном меню, должна быть кнопка исключить. Но возможно обратно уже не сможете включить с теми же публикациями. Попробуйте, сначала исправить в разделе «Сведения о публикации», далее проверить в отчете.