Министерство науки и
высшего образования
Российской Федерации
Портал
информационного взаимодействияс организациями и учреждениями, участниками бюджетного процесса Минобрнауки России

Учитываются ли в плане ФХД (форма 3)денежные средства в пути во входящем остатке на начало отчетного года?

Да, денежные средства в пути надо учитывать в остатке на начало года.