«Проект тематики» индикаторы заполняются все или именно те, которые фигурируют в заявке? На текущий год или за весь период выполнения проекта?

Индикаторы заполняются только те, что в заявке. На весь период.

Информацию можно уточнить у контактных лиц по вопросам, связанным с проведением отбора проектов по письму Минобрнауки России от 3 июля 2019 года № МН-1037/АМ «О направлении информации»:
Несутулов Александр Сергеевич, 8 (495) 547-13-66 (доб. 7306),
Тупикина Юлия Викторовна, 8 (495) 547-12-99 (доб. 3069).